原文摘要:分子建模和模拟是聚合物科学和工程的宝贵工具，可预测聚合物的物理化学性质并提供对潜在机制的分子级洞察。然而，由于结构以及长度和时间尺度的巨大变化，构建真实的聚合物系统具有挑战性并且需要大量经验。这项工作描述了CHARMM-GUI中的PolymerBuilder，这是一个基于网络的基础设施，提供了一个通用和自动化的过程来构建一个轻松的聚合物系统。聚合物生成器不仅提供了多种建模方法来构建复杂的聚合物结构，而且还通过内置的工具生成逼真的聚合物熔体和溶液系统。粗粒化模型和全原子替换。该粗粒化模型参数化通过各种实验数据和全原子模拟得到推广和广泛验证。此外，PolymerBuilder生成松弛聚合物系统的能力通过34个均聚物熔体系统的密度计算、个均聚物熔体系统的特征比计算、poly(styrene-b-methylmethacrylate)嵌段共聚物的形态图以及两亲性的poly(ethyleneoxide-b-ethylethane)在水嵌段共聚物。我们希望PolymerBuilder有助于开展创新和新颖的聚合物建模和模拟研究，以深入了解复杂的含聚合物系统的结构、动力学和潜在机制。link:
