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R包ggplot2绘制二维排序图前文已分享了PCA、CA、DCA、PCoA、NMDS、RDA、db-RDA(CAP)、CCA等排序方法在R语言中的计算过程。对于排序图的绘制,用于计算的R包中一般会提供可视化函数,如vegan包的ordiplot()、plot.cca()等,ade4的scatter()等,便于我们在计算后快速观测数据特征。如果有必要,之后可再细调一些参数,让排序图更美观些。除了打包好的特定作图函数外,考虑到排序图的本质是散点图,所以更普遍的做图方法,就是将排序坐标导出,然后用专业的作图包(如ggplot2)绘制,实现更好的可视化效果。在前文简介这些排序方法的分享中,每篇都对应了1-2例相关的作图示例,包含内置函数以及ggplot2两种类型。本篇继续作些延伸内容,单独展示一些ggplot2绘制二维排序图的示例。这些示例对于帮助初步掌握作图方法应该足够了,文献中大多也是ggplot2的风格,其它情况下,参考文献中的样式仿着来就可以了。

备注:ggplot2本身的作图语法本篇不涉及,基础部分还请自行学习了。

示例文件、R脚本等的百度盘链接:

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