医学论文写作是一门文理渗透、相互交叉的边缘学科，既涉及医学领域的各个方面，也涉及语言、文字、逻辑学、伦理学、哲学等。但医学论文写作并不是高深莫测的，而是有其自身的一些规律的。蓝译编译认为，只要掌握了其基本规律，并具有一定的医学论文写作知识，就能够结合自己从事的医学学科通过以下三个阶段写出高水平的医学论文。
一、准备阶段。前瞻性研究类医学论文写作的准备阶段，实际上是从实验论证和实验设计时开始的。因为，论证过程所参考的文献资料及实验设计的具体细节等都是为写作充分准备材料的过程。所以，论文能否写出水平，首先取决于科学、充分的实验论证和严谨、合理的实验设计，并注意实验过程的记录、资料收集和整理。论证和设计工作越充分、越严谨、越具体，写作时就会越顺利。如果论证有缺陷，设计分组缺乏可比性，实验条件控制不严或记录疏漏等，均可使写作难以顺利进行，甚至出现无法弥补的后果。
临床资料回顾性论文写作的准备阶段，表面上看是从查找资料开始的，实际上是从临床病例的病历记录首页就开始了。例如，病历记载的资料不全或必要的检查未做等，就有可能不被列入应收集的资料。因此，病例记录是十分重要的。同样，其他类医学论文写作也有其准备阶段。总之，这一阶段就是充分占有资料或写作素材的阶段。当然，准备阶段还应对原始资料进行鉴别、统计分析等。例如，根据资料的性质和特点，确定写成多少篇文章等。此外，还应熟悉拟投期刊的稿约、编排规则，拟定文题和提纲等。
二、写作阶段。完成一篇医学论文的撰写，通常包括初稿写作、修改、润色等步骤。当然，这些步骤并不是绝对的。对于初学写作者或写作能力不强者，可按以下具体写作步骤进行。
1.初稿写作。根据掌握的素材，确定相应的论文体例后，以写作提纲为主线，争取一气呵成，连续写完。原则上要简明扼要，指出问题，说明问题，分析问题。但不必刻意追求语法、修辞、名词术语、缩写形式等方面的完善。
2.修改。初稿写成以后，应再三修改，审查是否符合要求。论文的修改，应先从文题、分级标题、结构安排等入手，然后再考虑逻辑、语法、修辞、专业术语、缩写、图表等。否则，修改得很好的段落或句子，有时不得不服从总体而删掉或者再次修改。修改时应认真推敲题目是否概括了全文的核心内容；标题与标题之间、标题与正文内容之间是否衔接紧密，是否涵盖所属内容，图表是否需要删改、简化、合并或补充与文字表达有无重复，有无设计或绘制错误，自明性如何；逻辑推理、语法、修辞、专业术语或缩写形式等均应一一推敲。
3.润色。润色是修改的延续或深化。润色前最好将修改稿请有关专家或同行审阅，征求他们的意见。在以自己为主，同时又充分听取别人意见的基础上，对全文进行润色加工，做最后的敲定。
三、处理退修稿阶段。论文投稿后，期刊编辑部对来稿的审定多采用“三审”制，即对稿件实行编辑初审，相关专家复审，主编终审定稿。对已决定采用的稿件，大多数还需退回给作者修改。在稿件退修之前，编辑可能已对稿件进行了初步的编辑加工，把稿件中存在的问题清理出来，与“三审”意见综台在一起后，形成了一份完整的退修意见以编辑部的名义寄回作者，指导作者进行论文发表所要求的修改。作者应认真阅读和理解编辑部返回的退修意见，按要求完成论文发表前的修改工作。若对退修意见有不同看法，可直接与编辑部商讨。